O CMEI Fazenda Boqueirão possui 6 salas de referência, sendo elas:
Berçário U
Maternal I
Maternal II
Pré I
Pré Único
Pré II A
Farol do Saber Móvel
Refeitório para os professores
Refeitório para as crianças
Secretaria
Sala de Permanência
Banheiro de funcionários
Banheiro feminino para as crianças
Banheiro masculino para as crianças
Cozinha
Lactário
Lavanderia
Pátio coberto
Parque de areia