O Conselho do Cmei é uma instituição que requer ampla participação e representação. É composto por presidente, conselheiro titulares e conselheiros suplentes. O conselheiro tem um papel muito importante no cmei. Ele é um representante de um segmento da comunidade educativa, mas, do que isto, em por tarefa organizar esse mesmo segmento. As eleições do Conselho ocorrem bianualmente.
As reuniões do conselho podem ser ordinárias extraordinária e são convocadas pelo diretor presidente.